El municipio de San Marcos, Ocotepeque se encuentra ubicado en el extremo sur del Valle de Sensenti, localizado en los 14º 23’ 30” latitud Norte y los 88º 56’ 30” longitud Oeste, en el ángulo formado por los ríos Alax o Grande y Gualciquire o Suntulín en la zona Occidental de Honduras, en el departamento de Ocotepeque, con una extensión territorial de 169.2 Km2, colinda al norte con los municipios de San Francisco del Valle y Sensenti, al sur con los municipios de Cololaca y Mercedes, al este con los municipios de San Sebastián y Belén Gualcho y al oeste con los municipios de Mercedes y San Francisco del Valle.

 Fuente: Plan de Desarrollo Municipal, San Marcos, Ocot. 2018

El clima del municipio mantiene un promedio de temperatura de 24°C durante todo el año, sin embargo puede bajar hasta  los 14 grados centígrados en los meses de Diciembre y Enero; estas temperaturas se mantienen por períodos más largos en las partes altas y por espacios más cortos en la zona del valle.

La máxima llega a los 30 grados centígrados durante los meses de Marzo y Abril. La precipitación pluvial está bastante distribuida, debido a la entrada de varios sistemas de presión atmosférica que atraviesan el occidente del país por el Océano Pacifico. Las lluvias se encuentran distribuidas entre los meses de Junio a Octubre, los temporales afectan la zona durante los meses de Noviembre a Enero y el resto de los meses (Febrero a Junio) se consideran meses secos, aunque caen lluvias ocasionales.

Fuente: Plan de Desarrollo Municipal, San Marcos, Ocot. 2018

Se han identificado 14 microcuencas que drenan sus aguas para dar paso a la formación del gran Río Ulúa. En su mayoría presentan un alto grado de deforestación, debido al avance acelerado de la frontera agrícola y a la realización de actividades ganaderas sin medidas adecuadas que favorezcan la protección y conservación de los recursos de las microcuencas.

La red hídrica del municipio de San Marcos de Ocotepeque está  formada por los siguientes ríos y quebradas:

 Fuente: Unidad Municipal Ambiental UMA, San Marcos

El territorio del término municipal de San Marcos en su mayoría presenta una topografía accidentada y con suelos vulnerables a la erosión. “Un alto porcentaje del término municipal son tierras de vocación forestal, pero en la actualidad la mayoría de ellas son utilizadas para actividades de pastoreo y agricultura, principalmente para el cultivo de granos básicos, café y hortalizas. Estas actividades constituyen el rubro principal  para todos los habitantes del área rural y la mayor parte de los habitantes del casco urbano. Las áreas destinadas a la producción agrícola y ganadera son ubicadas en cualquier sitio sin tomar en cuenta factores determinantes para la conservación del suelo como: pendiente, calidad del suelo y su cercanía a los nacimientos o cauces de agua. Las actividades de pastoreo se realizan en forma aislada en todo el municipio, las áreas con pastos cultivados son poco observadas en las zonas ganaderas, pero gran parte de las áreas cubiertas de bosques de pino y mixtos están sometidos al sobre pastoreo y compactación por el ganado. En extensas áreas el bosque de pino ha sido completamente eliminado para favorecer el crecimiento de los pastos naturales, que son renovados de forma tradicional a través de las quemas de potreros que al ser realizados sin medidas de prevención adecuadas se convierten en  incendios forestales de gran intensidad, causando daños aún mayores sobre el suelo, los caudales y calidad del agua.”

Fuente: Plan de Desarrollo Municipal, San Marcos, Ocot. 2018